一、南京市卫生局的主要职责
贯彻执行党和国家关于卫生工作的方针政策和法律、法规，研究提出全市卫生事业发展规划，区域卫生规划和社区卫生服务规划并组织实施；制定并实施对人群健康危害严重疾病的综合防治规划；研究制定并组织实施全市农村卫生、妇幼卫生和提高出生人口素质工作发展规划和政策措施，指导全市医疗机构改革；组织重点医药卫生科研攻关。指导医学科技成果的普及应用工作；管理和指导全市中医和中西医结合工作；负责管理全市医疗救护和疾病预防控制工作，组织调度全市卫生技术力量，协助各级政府和有关部门对重大突发事件、突发疫情、病情实施紧急处置防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延等。
二、南京市卫生局的卫生局职能
1、（一）贯彻执行党和国家关于卫生工作的方针政策和法律、法规，组织实施国家卫生标准和技术规范，研究拟定地方性卫生法规建议草案、卫生标准和技术规范建议草案。
2、（二）研究提出全市卫生事业发展规划、区域卫生规划和医疗机构设置规划的建议并组织实施；研究拟定全市卫生人才发展规划并组织实施。
3、（三）编制卫生事业经费的预算、决算；研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门指导全市医疗卫生收费管理并监督检查。
4、（四）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定并实施对人群健康危害严重疾病的综合防治规划；组织实施医学康复工作。
5、（五）研究制定并组织实施全市农村卫生、社区卫生、妇幼卫生和提高出生人口素质工作发展规划和政策措施，组织指导和监督母婴保健专项技术服务的实施。
6、（六）指导全市医疗机构改革；实施医疗机构、从业人员和临床新技术的许可准入制度；组织实施关于医务人员执业标准、医疗安全管理规范、服务规范和职业道德规范。
7、（七）研究制定和实施全市重点医学科技、教育规划和医学重点学科建设规划，组织重点医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作。
8、（八）协助贯彻国家药品监督法律、法规，协同做好医疗机构中有关药事管理工作；依法监督管理采供血及临床用血质量。
9、（九）监督管理全市传染病防治和职业病防治以及食品、职业、环境、放射和学校卫生工作；依法对食品等健康相关产品实施许可和监督管理，并负责健康相关产品检验机构的认证。
10、（十）组建全市监测和预警系统，统一指挥和组织协调全市各类突发公共卫生事件应急处理工作以及重大活动的卫生医疗保障。
11、（十一）贯彻中西医并重的方针，研究拟定并组织实施中医药事业发展规划；管理和指导全市中医和中西医结合工作。
12、（十二）承担市政府血吸虫病、地方病寄生虫病防治领导小组的日常工作。
13、（十三）组织指导全市医学卫生领域对外的双边、多边合作交流，组织实施援外医疗工作，组织参与国际组织在卫生领域的交流与合作。
14、（十五）负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；按照规定管理有关干部的医疗工作。
15、（十六）负责局机关和局直属单位的组织、宣传、统战、纪检、监察、机构编制、人事、劳动工资及群团等工作。
16、（十七）承办市委、市政府交办的其他事项。
三、南京市卫生局的领导分工
1、主持局行政、党委全面工作，兼管干部、人才、外事、规划、财务、人事、审计、医改方面工作。
2、分管办公室、组宣处、人事处、规财处、审计处、离退休干部处。
3、负责局纪检监察、卫生行风、廉政建设、案件查处、药房托管方面工作。协管干部工作。
4、分管纪委、监察室、协管审计处。
5、负责卫生监督、食品安全、卫生政策法规、卫生信息化建设、信访方面工作，担任局党政新闻发言人。
6、分管法监处、食安处、协管办公室。
7、负责社会管理和社会建设、宣传、政法、维稳、精神文明、统战等党建方面工作。
8、分管党委办公室、协管组宣处、离退休干部处。
9、负责医政管理、急救体系建设、采供血管理、医疗机构设置
10、规划、民营医疗机构管理、中医管理方面工作。协管医改工作。
11、分管医政处（医疗服务监管处）、中医处、改革办。
12、负责卫生应急、疾病预防控制方面工作。
13、负责基本药物制度和药事管理、卫生科技发展规划、重点科研项目管理，科技人才培养、重点学科建设、医学教育发展规划方面工作。协管人才工作。
14、负责干部保健、卫生统计、价格管理、医疗设备管理、工、青、妇、机关党建、作风建设方面工作。
15、分管干部保健处、机关党委、工会、协管规财处。
16、负责安全保卫和安全生产、综合治理、基建、新城医疗中心建设、医院后勤管理、对口援助方面工作。
17、分管规财处涉及基建、后勤管理工作职能、协管人事处。
18、负责农村卫生、社区卫生、妇幼卫生方面工作。
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